Obiekt Mauzoleum Martyrologii Wsi Polskich w Michniowie zaprojektowany został przez warszawską pracownię architektoniczną Nizio Design International. Zespołem projektowym, który odpowiadał za projekt architektury, wnętrz i zagospodarowania terenu, zarówno w fazie koncepcyjnej, budowlanej, jak i wykonawczej, a także za nadzór projektowy i autorski od rozpoczęcia aż do momentu zakończenia realizacji, kierował Mirosław Nizio. Pracownia sprawowała także nadzór autorski nad projektem graficznym wystawy stałej oraz uczestniczyła w pracach nad scenografią, dzięki czemu zagwarantowano spójność obu narracji - architektonicznej i ekspozycyjnej.
Gmach Mauzoleum jest architektoniczną formą upamiętnienia polskich wsi represjonowanych przez okupantów podczas II wojny światowej. Jego bryła odzwierciedla proces zniszczenia. Budynek w pierwszej części od wejścia, w której znajduje się „Dom Ciszy”, czyli forma kaplicy i miejsca skupienia, przypomina drewnianą chatę lub stodołę. Zadaniem kolejnych segmentów jest oddanie dramaturgii procesu jej destrukcji. Bryła ulega degradacji, rozpadowi, odzwierciedlając dramatyczne skutki pacyfikacji. W strukturze betonu, z którego jest wykonana pojawiają się przełamania, przecięcia, rozdarcia, pęknięcia, budujące emocje i napięcie.
Kształt budynku, którego długość wynosi 146 metrów, a powierzchnia liczy ponad 16 000 metrów kwadratowych, warunkowany jest inspiracjami rzeźbiarskimi oraz dbałością o zachowanie spójności architektury z narracją historyczną ekspozycji. Monolityczny blok Mauzoleum tworzy 11 segmentów - pięć zamkniętych i sześć otwartych - poprzecinanych pęknięciami. Wchodząc na teren obiektu zwiedzający wchodzi najpierw do segmentów zamkniętych. Zgodnie z zamysłem autora projektu degradacja budowli otwiera ją na otaczającą przyrodę i zmienia się wraz ze zmianą warunków atmosferycznych. Przeszklenia oraz rozdarcia w konstrukcji odsłaniają okalające z obu stron budynek czarne, monumentalne, wysokie, czterometrowe, modrzewiowe krzyże. Zainstalowano je w liczbie 153 sztuk, a ich kształt i symbolika zainspirowała formę przepruć samego budynku.
Wymowna architektura oraz celowa, postępująca degradacja obiektu tworzy unikatowy nastrój tego miejsca. Poprzez przeszklone i nieprzeszklone spękania pomiędzy segmentami do wnętrza budynku wdziera się światło, które w zależności od pory dnia i roku, modeluje przestrzeń ekspozycji stałej, dostępnej zarówno w zamkniętych, jak i otwartych częściach budynku. Na chłodnej i ascetycznej, betonowej, patynującej elewacji Mauzoleum dostrzegalny jest symboliczny odcisk słojów drewnianej deski. Jej faktura i barwa zmienia się wraz z upływem czasu pod działaniem warunków atmosferycznych. Struktura ściany i dachu oraz stalowe elementy noszą ślady działania wody, pyłu i kurzu. Pojawiają się ślady zawilgocenia i korozji, na ścianach uwidaczniają się ciemne porosty, co sprawia, że bryła jest mocno zespolona z otoczeniem, zakorzeniona w kontekście miejsca posadowienia.
Ekspozycja stała urządzona w Mauzoleum zajmuje powierzchnię około 1 700 metrów kwadratowych. Narratorami opowiadającymi o życiu codziennym mieszkańców wsi w okupowanej Polsce, o brutalnej, nieludzkiej i wyniszczającej polityce władz okupacyjnych oraz o tragicznych skutkach pacyfikacji są tutaj przede wszystkim ofiary. Przechodząc przez kolejne części budynku zwiedzający docierają do otwartej części obiektu, która swą symboliką nawiązuje do zgliszczy rozpadającej się „wiejskiej chaty”. Szary beton z odciśniętą strukturą deski, barwione na czarno drewno ze starych stodół, czarna, walcowana stal, to materiały które dominują we wnętrzu budowli i są nośnikiem dla ekspozycyjnej narracji. Liczne ekspozytory prezentują zdjęcia, druki ulotne, plakaty, rękopisy i inne dokumenty historyczne. We wkomponowanych w przestrzeń gablotach udostępniono artefakty. Opowieść wzbogacają multimedia: filmy dokumentalne, relacje świadków, animacje. Wielkoformatowe rzeźbiarskie obiekty o nieregularnych kształtach będące jednym z elementów prezentacji muzealnego contentu mają stale przypominać odwiedzającemu zgliszcza spalonych chat i zabudowań gospodarczych.
Spójność obu narracji - architektonicznej i ekspozycyjnej, jest potężną wartością realizacji, co doceniono w kraju i na świecie zarówno na etapie koncepcyjnym, jak i wykonawczym. W 2011 roku projekt otrzymał nagrodę European Property Award w kategorii Public Service Architecture. Serwis architektoniczny Dezeen.com, jeden z najbardziej wpływowych portali o architekturze i designie, w 2016 roku wymienił Mauzoleum Martyrologii Wsi Polskich w Michniowie w zestawieniu 12 najbardziej oczekiwanych realizacji architektonicznych z całego świata – obok rozbudowy londyńskiej galerii Tate Modern i San Francisco Museum of Modern Art. Kompozycja architektoniczna zyskała także uznanie w wielu prestiżowych konkursach branżowych: Grand Prize w konkursie YUANYE Awards (2021), Nagroda Architektoniczna POLITYKI (2021), Property Design Awards (2022) w kategorii Bryła – Obiekty Publiczne, BIG SEE Architecture Award (2023), zwycięstwo w 29. edycji konkursu „Polski Cement w Architekturze” (2025).
